In de bodem komen ontelbare bodemorganismen voor; het bodemleven. Dit bodemleven zorgt ervoor dat plantenresten, uitwerpselen en ander bodemleven wordt afgebroken en wordt omgezet in nieuwe voedingsstoffen voor gebruik binnen de ondergrondse voedselketen (het bodemvoedselweb). Zo speelt het bodemleven dus een cruciale rol bij de afbraak van organische stof (decompositie) en de opbouw van stabiele organische stof (humificatie), het vrijmaken van voedingsstoffen uit organische stof (mineralisatie) en ook bij de opbouw van de bodemstructuur.
Bodemleven bestaat onder andere uit microflora (zoals bacterien en schimmels) en fauna (zoals aaltjes/nematoden, mijten en wormen). Een goed en divers bodemleven (bodembiodiversiteit dus) is van belang voor een goede bodemkwaliteit omdat het bodemvoedselweb en de kringloop van organische stof en nutrienten onlosmakelijk met elkaar zijn verbonden.
Goed bodembeheer via aandacht voor (minimale) bodembewerking en aanvoer van organische stof kan bijdragen aan een hogere bodembiodiversiteit. Ook kan via de relaties tussen bodembeheer en bodembiodiversiteit een bijdrage worden geleverd aan verhoging van de ziektewerendheid van een bodem. Natuurlijke plaag- en ziektereulatie is het vermogen waarover ecosystemen beschikken om plagen en ziekten te onderdrukken. Hierbij spelen natuurlijke vijanden en natuurlijke infecties (schimmels, bacterien en virussen) van voor de gewassen schadelijke organismen een centrale rol. Ook ondergronds maken vele soorten zich nuttig als onderdrukkers van plagen en ziekten, zoals mijten en springstaarten en antagonistische schimmels en bacterien. Deze bodemgezondheid of bodemweerbaarheid is in diverse SKB-projecten onderzocht via diverse maatregelen zoals het minimaliseren van grondbewerking en het toedienen van verschillende vormen van organische stof, mede via organische reststromen. Bedrijfsvoering met oog voor bodemkwaliteit en bodembiodiversiteit leidt tot een goede gewasopbrengst en gewaskwaliteit.
